卫生局设如下职能处室

办公室	政策法规处	疾病控制处
医政处	应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）	农村卫生处
妇幼与社区卫生处	科教处	北京市爱国卫生运动委员会办公室
药械处	发展计划处	物价处
国际合作处	安全保卫处	财务处
审计处	人事处	组织处
宣传处	统战处	工会、团委
机关党委	北京市保健委员会办公室	老干部处
纪检组监察处	卫生监督处

北京市中医管理局为二级局建制，归市卫生局领导，下设三个职能处室

办公室(计财处)

医政处

科教处